L'histoire se situe au moment ou Aizen Sosuke, le Capitaine de la Cinquième Division, trahit la Soul Society pour rejoindre le Hueco Mundo, accompagné de Gin Ichimaru et Kaname Tousen.

Ichigo, Rukia et les autres humains sont innocentés sur tous les faits dont ils avaient été accusés, et ils sont autorisés à repartir pour le Monde Réel, et Rukia à retourner dans sa Division et recevoir son grade.

Ce qui se passe dans les mondes...

Dans le Monde Réel: Ichigo, shinigami désormais remplaçant, et ses amis sont retournés au lycée. Mais des Hollows de plus en plus forts apparaissent, donnant à recoudre aux humains et shinigamis de ce monde...

Dans la Soul Society: Tout est redevenu normal, ou enfin presque. La trahison d'Aizen est le principal sujet de ces temps-ci, et les Divisions enquêtent.
Certains shinigamis sont envoyés dans le monde réel pour protéger de ces nouveaux Hollows, soit les Arrancars. Ces enquêtes viennent même à entraîner des Capitaines dans des combats. Dans la Soul Society même, la défense à été renforcée.

Dans l'Hueco Mundo: Aizen est arrivé, accompagné de Gin Ichimaru et Kaname Tousen. Il a prit le contrôle de ce monde, et le trône, il commence à transformer des Hollows en Arrancars, et l'espada est mis en place. Soumis à des test, les plus faibles Arrancars sont envoyés dans le Monde Réel, puis des plus forts.